A wszystko zaczęło się tak wspaniale. Maria Klementyna była córką księcia Jakuba Sobieskiego i wnuczką polskiego króla Jana III Sobieskiego – sławnego bohatera spod Wiednia, który uratował Europę od tureckiego najazdu. Za sprawą swego wdzięku, ale też majątku, uchodziła za jedną z lepszych partii w ówczesnej Europie. Nic więc dziwnego, że gdy do tej szczupłej, sympatycznej, pełnej życia jasnowłosej dziewczyny przybył dwudziestoletni, atrakcyjny i zuchwały porucznik Charles Wogan – wysłannik tytułującego się królem Anglii i Szkocji Jakuba Edwarda III Stuarta (syna zdetronizowanego Jakuba II) – z zapytaniem, czy nie zechciałaby pojąć jego pana za męża, szesnastoletnia wówczas Maria Klementyna odpowiedziała: tak. Dla jej ojca taki mariaż stanowił akt nobilitacji i uznania – jakby nie było, przyszły zięć mógł sięgnąć po tron Anglii, tym bardziej że jego tytuł do niego respektował nie tylko papież, ale także królowie Francji i Hiszpanii. Dla emigranta, jakim był Jakub Stuart, ślub ten oznaczał możność związania się z partnerką ze znakomitego rodu, ale był też sposobem podreperowania własnego skromnego skarbca.
Zanim jednak doszło do spotkania przyszłych małżonków, minęło sporo czasu. Na drodze stanął im bowiem władający Królestwem Wielkiej Brytanii i Irlandii Jerzy I z dynastii hanowerskiej. To on na mocy Ustawy o następstwie tronu z 1701 roku został wybrany przez parlament na prawomocnego władcę zjednoczonego królestwa. Tym samym odsunięto od dziedziczenia ród Stuartów, ustalono oficjalne wyznanie monarchii (anglikanizm) oraz zakazano dziedziczenia tronu przez katolików, a takimi byli Stuartowie.
Gdy Maria Klementyna wyruszyła ze swojego zamku w Oławie we wrześniu 1718 roku na spotkanie przyszłego męża, wydarzyła się rzecz w ówczesnej Europie powszechnie komentowana. Obawiający się powrotu pretendenta do tronu, baczny, że niebawem może urodzić się kolejny, Jerzy I hanowerski poważył się na krok desperacki, jakim było uprowadzenie narzeczonej. Pomógł mu w tym cesarz Karol VI. Maria Klementyna została zamknięta w zamku pod Innsbruckiem, jednak niebawem udało się ją oswobodzić, do czego ponownie przyczynił się rezolutny porucznik Wogan. W listach, które pisała w tym czasie, jak i relacjach świadków księżniczka wykazywała się hartem ducha, pewnością siebie i wytrzymałością w znoszeniu niewygód.
W maju 1719 roku doszło wreszcie do ślubu per procura, w którym Jakuba Edwarda zastępował inny jego wysłannik – James Murray. A gdzie był pan młody? Zaprzątnięty ideą powrotu na tron, szukał sojuszników i okazji do restauracji domu Stuartów na tronie brytyjskim. Pozbawiony realnej siły, był przedstawicielem dynastii wprawdzie starej i wciąż cieszącej się poparciem w Szkocji, ale zależnym od innych monarchów i papieża. Początkowo Jakub Edward mieszkał we Francji, później w Urbino, a następnie w Rzymie, gdzie materialny byt jego i jego dworu spoczywał na barkach ówczesnego papieża Klemensa XI. I tu Maria Klementyna spędziła kolejne miesiące w oczekiwaniu na ślub, który miał się odbyć, ale nikt nie wiedział ani gdzie, ani kiedy. Nie nudziła się jednak. Klemens XI, będący jej ojcem chrzestnym, przyjął ją w iście królewski sposób. Co prawda zamieszkała w klasztorze urszulanek, ale w specjalnie dla niej, wystawnie urządzonych apartamentach. Była odwiedzana, zapraszana i otaczana podziwem. Papież dostarczał jej najprzedniejsze potrawy, na jej cześć wybił medal przedstawiający ją jako boginię, a senat rzymski wychwalał jej cnoty przy dźwięku trąb. I tak minęło lato, w którym Maria Klementyna musiała poczuć się prawdziwie jak koronowana głowa. Dopiero we wrześniu otrzymała wiadomość od swego przyszłego, starszego od niej o czternaście lat męża, którego jeszcze nie widziała na oczy i znała tylko z korespondencji, że planowany ślub odbędzie się niedaleko Rzymu, w miejscowości Montefiascone nad jeziorem Bolsena. I tak też się stało. Ujrzeli się kilka godzin przed ślubem i zapewne przyszły mąż nie zrobił na księżniczce piorunującego wrażenia. Jak się okazało, był raczej małomówny i zamknięty, melancholijny i nieufny. Jednakże kolejne miesiące, które upłynęły na podróży poślubnej, uroczystych bankietach urządzanych na ich cześć, balach i wizytach, a także powszechna sympatia, z jaką się spotykali, tłumiły różnice najwyraźniej silnych charakterów obu małżonków. Papież Klemens XI zapewnił im comiesięczną pensję, uznając parę za prawowitych władców Anglii, i przeznaczył dla nich rzymski pałac (Palazzo Muti) obok bazyliki Santi XII Apostoli oraz letnią rezydencję w Albano. Ich życie upływało na planowaniu pozyskania utraconego tronu wśród wąskiego grona zaufanych zauszników Jakuba.
Mimo finansowych problemów (posag córki królewicza Sobieskiego nie został wypłacony) dwór jakobicki był ośrodkiem kultury, szczególnie muzycznej. Pałac rozbrzmiewał cotygodniowymi koncertami, a para królewska wsławiła się również organizacją przedstawień operowych. Rok po ślubie urodził się jej pierwszy syn, Karol Edward (1720).
Szybko okazało się, że pełna życia kobieta, jaką była nastoletnia Maria Klementyna, w małżeństwie zaczęła powoli więdnąć. Pierwsze oznaki niemożliwej do pokonania różnicy charakterów pojawiły się po narodzinach drugiego syna, Henryka Benedykta (1725). Oboje małżonkowie okazali się przy tym ludźmi niezdolnymi do kompromisu, winą obarczając siebie nawzajem i czyniąc swe stadło areną oskarżeń, która stała się pożywką rzymskich plotek. Maria Klementyna skarżyła się, że jest separowana od synów i skazywana na towarzystwo niechętnych jej dworzan męża, że Jakub III zabrania jej wstępu do swych komnat, że ją poniża i nie rozumie, a w dodatku pragnie wychowywać starszego syna w wierze anglikańskiej. Ostatni zarzut z całą pewnością nie odpowiadał faktom, gdyż Jakub był zdeklarowanym katolikiem. Odrzucał wszelkie sugestie przejścia na anglikanizm, co zapewne ułatwiłoby mu starania o tron. Na swoim dworze akceptował jednak wiarę większości swego narodu i nikogo nie faworyzował ze względu na wyznanie. Z przyzwoleniem papieża znajdowało się tam również dwóch duchownych anglikańskich, ale ich zadaniem było przygotowanie następcy tronu (Karola) do sprostania religijnym obyczajom jego przyszłego królestwa. Na znak protestu Maria Klementyna postanowiła jednak zamknąć się w klasztorze benedyktynek przy kościele Santa Cecilia na Zatybrzu, wywołując polityczno-obyczajową awanturę. Chętnie sięgająca po pióro, napisała dziesiątki listów (do papieża, swej kuzynki – królowej Hiszpanii, króla Francji), wszędzie szukając popleczników. Z kolei Jakub czuł się niekochany i oficjalnie upokarzany jako głowa rodziny i pretendent do tronu. Straciła na tym jego pozycja polityczna, a w szeregach jego sympatyków (jakobitów) pojawiły się niesnaski.
Pod wpływem mediacji papieskiej mąż obiecał poprawę, a Maria Klementyna powrót – po dwóch latach – do pałacu. Problem wydawał się zażegnany, ale tylko pozornie. Maria Klementyna tkwiła bowiem w głębokiej depresji. Całymi dniami modliła się, a na dodatek odmawiała przyjmowania posiłków. Stroniła od męża, coraz bardziej oskarżając go o wszelkie zło. Nikt i nic nie potrafiło pomóc tej dogłębnie nieszczęśliwej kobiecie. W tej sytuacji Jakub postanowił opuścić huczące od plotek miasto i przeniósł się wraz z synami do Albano, przypieczętowując tym samym separację małżonków. Maria Klementyna pozostała w Rzymie, jedynie od czasu do czasu odwiedzając swoje dzieci. Modliła się i umartwiała, a postępująca anoreksja (?) wyczerpywała jej ciało. Na dodatek pojawił się szkorbut. Bóle mięśni, depresja, anemia, światłowstręt i krwawienie dziąseł doprowadziły do stanu, w którym nie podnosiła się już z łóżka. Nie dopuszczała do siebie jednak pomocy, tkwiąc w apatii aż do śmierci.
Siedem lat po pogrzebie wydobyto jej trumnę przechowywaną w podziemiach watykańskich i umieszczono w ozdobnym sarkofagu, który został wykonany na koszt papieży Klemensa XII i Benedykta XIV i umieszczony w bazylice św. Piotra.
W mieście upamiętnia ją także skromne epitafium jej serca, które znajdziemy w drugim filarze po prawej stronie bazyliki Santi XII Apostoli. Wykonane zostało przez Filippa della Valle i składa się z marmurowej tablicy, powyżej której znajduje się urna z dwoma puttami wykonanymi w stiuku. Jeden z nich trzyma serce, a drugi koronę. Świątynia ta była nie tylko kościołem parafialnym nieszczęsnej królowej, ale w nim także – po śmierci – zostało złożone i wystawione na widok publiczny jej zabalsamowane ciało, i tu też odbyły się trwające kilkanaście dni uroczystości pogrzebowe.
Opinie na temat Marii Klementyny są do dziś podzielone. W literaturze anglosaskiej przeważa jej portret jako osoby neurotycznej, kapryśnej, niedojrzałej i wpływowej. W literaturze krajów katolickich na ogół podnosiło się jej głęboką wiarę. Zapewne musiała być też empatyczna i lubiana, w odróżnieniu od jej zgorzkniałego i zamkniętego w sobie męża, i chyba tym można tłumaczyć estymę, jaką darzyli ją kolejni trzej papieże, zdecydowanie opowiadając się po jej stronie w tej małżeńskiej wojnie domowej nad Tybrem.
